暖箱不夠清潔容易對抵抗力很弱的新生嬰兒造成健康危害，由于新生兒胎齡較小、體重較輕，機體免疫系統尚不完善，尤其是早產兒，免疫系統越差，越容易受到外界病菌入侵造成感染。器械的醫源性接觸等，都可能導致新生兒的醫院感染。所以暖箱的清潔和消毒對于新生兒醫院感染的防控起著舉足輕重的作用。
特殊感染：傳染病患兒使用暖箱根zui不同病原體選擇消毒劑及消毒方法。血源性病原體（HIV、乙肝等）多重耐藥菌感染，氣性壞疽、朊毒體和不明原因感染的消毒，需要更高效率的終末消毒方式，可采用過氧化氫熏蒸法。
突發傳染病病原體污染的暖箱處理應符合國家屆時發布的規定要求。沒有要求時，其消毒的原則為：在傳播途徑不明時， 應按照多種傳播途徑，確定消毒的范圍和物品；按病原體所屬微生物類別中抵抗力zui強的微生物，確定消毒的劑量（可按殺光芽孢的劑量確定）醫務人員應做好職業防護。
暖箱在每天消毒處理的基礎上，還需要每周進行一次徹底消毒，消毒的時候需要將暖箱完全的拆卸開，之后每一個零件都需要按照每天消毒處理的方式進行處理，zui后再將暖箱重新組裝起來，暖箱消毒是一個長期而且必要的活。小嬰兒如果不再住暖箱，離開之后，也需要徹底的消毒處理，迎接下一個小嬰兒的入住。
目前醫院進行暖箱消毒的時候都會把暖箱拆卸開，進行擦拭，比較費事費力，而目前新型專業的新生兒暖箱消毒設備：KV-BOX 滅菌儀，效率提升的同時也更加安全。
KV-BOX 滅菌儀，可能是世界上zui小巧的過氧化氫滅菌設備，采用高效過氧化氫為消毒液，真正無殘留無腐蝕，具有廣譜殺菌效果，可快速高效的殺滅6Log的水平細菌、病毒、芽孢等并不留死角，可便捷快速的對新生兒暖箱內部進行消毒工作，采用全球領先的多級霧化技術，可以在不利用壓力的情況下產生接近氣態的霧化效果。該成果已經申請多項專利，是目前能耗zui小、霧化顆粒zui均勻、擴散性zui好的過氧化氫滅菌設備。
1、體積小，可輕松放入，適用新生兒暖箱、生物安全柜、傳遞窗（艙）、隔離器等密閉腔體。
2、設備單掌可托，即開即用，體積小，高智能，擁有zui大程度使用便捷度。提升工作效率，同時解決傳統方法的安全隱患
3、能夠高效去除包括芽孢、多重耐藥菌感染，氣性壞疽、朊毒體在內的多種病菌。
4、噴射出過氧化氫粒徑極小，滅菌后濕度無變化，無液滴附著，不會對暖箱產生腐蝕性。
