一、缺乏免疫力，抗體水平變化快
母豬初乳中乳蛋白含量高達7％，占干物質34％，而且主要是免疫球蛋白，正好新生仔豬腸壁通透性很好，可完整地吸收初乳中的免疫球蛋白，從而獲得被動免疫。但在以后的3周內很快下降，而主動免疫要在4－5周才起作用。另外，斷奶應激可降低循環抗體水平，抑制細胞免疫能力。因此，斷奶仔豬的免疫力較低，容易拉痢和生病。必須給斷奶仔豬提供很好的衛生條件，以保證仔豬很小的細菌感染。
二、腸道的影響
仔豬補充不同類型的飼料蛋白質對3周齡斷奶仔豬小腸粘膜形態結構的影響，豆粕造成的損傷很嚴重，玉米一豆粕混合型次之，而乳蛋白很輕。斷奶后仔豬持續攝入低能量是造成粘膜損傷的主要因素，除小腸絨毛長度變短外，小腸絨毛形態也發生很大變化，從斷奶前一個濃密、手指狀絨毛群變為一個平滑、舌頭狀絨毛面，小腸絨毛的這些變化會伴有腸管吸收木糖和丙氨酸能力的降低。因此，提供給早期斷奶仔豬的日糧必須極易消化，而且對腸壁不產生抗原作用。
消化吸收受阻會導致小腸下段養分過剩，這可能會使棲居在腸道中的微生物發生顯著變化，病原菌大量孽生繁殖為腹瀉創造條件。新生仔豬腸道微生物主要來自于母豬陰道和糞便及環境中的微生物。仔豬斷奶后，由于腸道粘膜被某些飼料成分或病毒損傷，大腸桿菌粘附和入侵受損上皮；哺乳期抵抗大腸桿菌粘附的母乳有益成分消失；斷奶短期內，仔豬由于消化酶活性低而造成仔豬消化不良，沒有被徹底消化的飼料為腸道大腸桿菌的增殖提供了充足的養分。這些原因可能會導致斷奶后糞便中產腸毒素大腸桿菌和非產腸毒素大腸桿菌大量出現。
如果斷奶時采食中斷的營養應激能被克服，那么，從豬乳轉為固體飼料也將有很少的創傷，仔豬的生長可能增加。因斷奶后采食量增加可能對粘膜生長和功能具有潛在的刺激作用，這可能有助于維持小腸的完整性和通過加強或維持消化吸收能力而促進生長。
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