進口保健食品監管流程注冊與備案產品注冊與備案根據《中華人民共和國食品安全法》《保健食品注冊與備案管理辦法》，國家對保健食品等特殊食品實行嚴格監督管理，進口保健食品應當向國家市場監督管理總局申請注冊或備案。
進口保健食品境外生產企業注冊進口保健食品境外生產企業申請注冊、變更、延續、注銷，應由所在國家（地區）主管當局對企業進行審核檢查，確認符合注冊要求后，向海關總署并提交申請材料。海關總署收到材料后，會根據不同情況作出相應處理，并向所在國家（地區）主管當局或進口食品境外生產企業反饋受理情況。如果材料不齊全或不符合法定形式，總署自收到申請材料之日起20個工作日內，一次性告知需補正的全部內容。
進口保健食品進口商備案根據《中華人民共和國進出口食品安全管理辦法》第十九條，海關對進口食品的進口商實施備案管理。進口商應當事先向所在地海關申請備案，企業可現場提交備案申請，也可以通過登錄“互聯網+海關”一體化平臺，進入“企業管理和稽查”版塊網上辦理；或登錄“中國國際貿易單一窗口”標準版，“企業資質”子系統辦理。海關審核后，符合要求的予以備案并公布境內進口商名單，不符合要求的退回企業（企業可以修改申請信息后重新提交）。
通關監管一般貿易途徑進口海關采取合格證明檢查、單證審核、現場查驗、監督抽檢、進口和銷售記錄等多種合格評定活動對進口保健食品是否符合我國食品安全國家標準進行合格評定。根據海關總署、國家市場監管總局聯合印發的《關于〈特殊醫學用途配方食品注冊證書〉等5種監管證件實施聯網核查的公告》規定，海關在通關環節實施《保健食品注冊證書或保健食品備案憑證》聯網核查。
進口保健食品經海關評定合格的，準予進口，并出具《入境貨物檢驗檢疫證明》。進口保健食品經海關評定涉及安全、健康、環境保護項目不合格的，由海關書面通知食品進口商，責令其銷毀或者退運；其他項目不合格的，經技術處理符合合格評定要求的，方準進口。進口保健食品不能在規定時間內完成技術處理或者經技術處理仍不合格的，由海關責令食品進口商銷毀或者退運。
跨境電商途徑進口需要注意的是，跨境電商進口保健食品是符合原產國（地）有關質量、安全、衛生、環保、標識等標準或技術規范要求，但可能與我國標準存在差異。另外由于商品直接購自境外，可能沒有中文標簽，消費者可通過網站查看商品中文電子標簽。
海關小提示每款保健食品都有適宜的人群、不適宜人群和相應的保健功能，選購時應該按照個人的身體需求，認真選擇，不能盲目的只選貴的，不選對的，要科學服用。
消費者也應提高意識，及時了解保健食品方面政策，防范非保健食品宣傳保健功能等虛假宣傳行為。
