酵素發酵中的微生物污染可以分為內源性微生物污染和外源性微生物污染兩種類型。
內源性微生物污染是指發酵過程中存在的菌種之間的競爭或變異引起的微生物污染。如發酵過程中的微生物污染：
發酵車間，若環境及空氣中存在有害微生物，將會對反應車間中的產品產生污染，影響其實際質量。
發酵設備及管道等清洗消毒不徹底，也會造成有毒雜菌的產生，從而造成微生物污染。
在發酵生產過程中添加的水或外加劑。
外源性微生物污染是指酵素發酵過程中被外界環境中的微生物所污染，可能來自原料、設備、工作人員等。
如原材料污染：酵素發酵制作過程中使用的原材料可能受到微生物的污染，水果蔬菜表面微生物多樣性十分豐富，發酵過程中，除了參與發酵的酵母菌或乳酸菌，不排除有其他雜菌或致病菌。如果原材料沒有經過適當的處理和消毒，就可能導致雜菌或致病菌混入，其中的微生物就有可能會繁殖并導致菌落總數超標。
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