乳酸菌通過發酵產生的有機酸、特殊酶系、酸菌素等物質具有特殊生理功能，可刺激組織發育，對機體的營養狀態、生理功能、免疫反應和應激反應等產生作用。 在水產養殖中的應用：   1、乳酸菌降解碳水化合物生成乳酸來降低動物腸道內的PH值，從而抑制腸道不耐酸的厭氧病原菌生長和繁殖，并加強對動物抗病能力。   2、乳酸菌在生物體內正常發揮代謝活性，就能直接為宿主提供可利用的必須氨基酸和各種維生素（B族維生素和K族維生素），還可提高礦物元素的生物活性，進而達到為宿主提供必需營養物質、增強動物的營養代謝、直接促進其生長的作用。   3、乳酸菌代謝產物乳酸及其他有機酸等，能夠有助于鈣、鐵、維生素的吸收。在一定條件下其代謝物乳酸形成乳酸鈣，促進水產動物尤其是甲殼類動物幼體的變態的變態和蛻殼生長。   4、乳酸菌生長合成的B族維生素和短鏈脂肪酸能中和動物體內有毒物質的毒性，特別可以緩解生物體內弧菌死亡釋放的毒性，保護肝臟并增強肝臟的解毒功能。   5、乳酸菌分解蛋白質，但不產生腐敗產物，更易被養殖生物腸道吸收。其代謝產物中的酸性物質、乳酸菌素、過氧化氫和CO2等能抑制病原菌的生長，故乳酸菌被稱為綠色環保、無副作用的'光譜抗菌藥'。可以有效抑制沙蠶弧菌、哈維氏弧菌、溶藻弧菌、副溶血弧菌等多種致病性弧菌引起的對蝦疾病。   6、乳酸菌可以產生大量的乳酸菌素，對大部分的細菌都有一定的抑制作用，而藍藻作為原核生物，乳酸菌也對其產生一定的抑制作用。乳酸菌對富營養化水體中的銅綠微囊藻、水華魚腥藻、念珠藻等藍藻產生的微囊藻毒素具有生物清除作用。   7、乳酸菌在有氧或無氧條件都可以分解水中殘餌產生的有機物質，從而形成有利于有益菌繁殖生長的適宜環境，改善生物體內的微生物種群。乳酸能降低及穩定水體酸堿度、維持水體的酸堿平衡。當藻類快速生長時，乳酸菌能激發食藻生物的繁殖，達到分解老化藻類和抑制藻類生長的效果，維持菌相和藻相平衡，達到凈化水質的目的。