抑制病菌生長：枯草芽孢桿菌能在土壤中快速繁殖，成為優勢菌，有效抑制土壤中其他病菌的生長和繁殖，預防土傳病害的發生。
殺菌作用：枯草芽孢桿菌在繁殖過程中，能夠產生枯草菌素、多粘菌素、制霉菌素、短桿菌肽等活性物質，這些活性物質對會致使致病菌菌絲斷裂、解體或細胞質消解，達到殺滅病菌的作用，有效防治病菌對作物的危害。
改善土壤結構：枯草芽孢桿菌能利用土壤中的腐殖質進行大量繁殖，分解土壤中的有機質，不僅能增加土壤中有效養分，還能改善土壤結構，防止土壤板結。
促進作物生長：枯草芽孢桿菌在繁殖過程中，還能產生多種激素類物質和各種維生素，不僅能提高土壤養分含量，還能促進作物生長，提高產量，改善農產品品質。
抗拮作用：使用枯草芽孢桿菌可高抗重茬，它在生長期間可以分泌細菌素、有機酸類物質、脂肽類化合物，這些物質可以抑制病原菌的生長，或將其溶解。枯草芽孢桿菌分泌出來的“幾丁質酶抗菌蛋白”可抑制多種植物病原菌。枯草芽孢桿菌可通過爭奪空間、養分等方式達到對致病菌的競爭性抑制。
調節生長：枯草芽孢桿菌在繁殖過程中，可產生類似植物生長激素、細胞分裂素的物質，比如增加赤霉素、吲哚乙酸等內源激素的含量，降低脫落酸的含量，這對植物的生長具有促進作用，還有助于植物抵抗病原菌的侵染。
提高作物品質：枯草芽孢桿菌在土壤中定殖后，會產生大量的植物激素和有機酸，刺激根系的生長，改良土壤質量，促進作物生理代謝，形成良性的植物-土壤-微生物生態系統，從而有效提高作物品質
