抗燃油在運行中發生的污染既來自系統外部（蒸汽凝結、冷卻器泄漏、通氣口干燥劑漏出等），也來自內部（抗燃油的分解、泵和軸承等的腐蝕和磨損）。前面已指出，在起動前建立一個清潔的抗燃油系統特別重要。不過即使已達到了清潔狀態，通過密封、通氣口以及使用了不正確的或不干凈的添加油所引起的外部污染還可能發生，應該加以防止。
另一方面，內部污染總會在系統中發生。這種污染包括水、金屬微粒和抗燃油分解產物。金屬微粒可能是由于齒輪、泵、軸承和閥的磨損。在濕的系統中還會產生銹的微粒。這些污染物必須用設計適當的過濾器和凈化器加以清除。 使用磷酸酯抗燃油時特別重要的是由水解生成的酸性污染。要保證抗燃油有較長的壽命，通常讓抗燃油在主油箱的一個旁路系統中通過顆粒吸收劑進行處理或凈化。這些顆粒吸收劑可以除去酸性分解產物、小量礦物油、含氯的物質和一些水以及攜帶的固體微粒。由于這一凈化步驟非常重要，在<抗燃油調整>一節中將詳細加以說明。
盡管偶爾也會需要恢復抗燃油中添加劑（例如消泡劑）的含量，但在向抗燃油供應商和/或設備制造廠咨詢之前不要采取行動。要把幾種不同廠商供應的抗燃油進行混合時，也要遵從同樣的原則。各種Reolube牌號的抗燃油是完全可以混合使用的，但在使用時一定不能和礦物油或含水的液體相混合。
抗燃油的補給速率
